2013年8月，复旦大学中国经济研究中心获上海高校智库正式立项，并成为唯一获准正式立项的经济学类智库。

复旦大学中国经济研究中心由张军教授领衔，是以教育部人文社会科学百所重点研究基地复旦大学中国社会主义市场经济研究中心的全部专职研究人员（以下简称CCES）为主体，联合复旦大学、北京大学、耶鲁大学、中国科学院、中国社会科学院等学术机构的研究人员而组成的研究型智库机构。作为一家研究型智库，中国经济研究中心定位于前瞻性的为中国未来中长期经济增长与发展提供政策咨询和建议，对涉及未来20 年中国经济增长与发展中的重大战略问题作出研究和政策分析。中国经济研究中心将努力实现三大发展目标：一是抢占中国经济问题研究的制高点，打造国内一流国际有影响力的中国经济问题研究智库；二是树立具有复旦特色的中国经济问题研究品牌产品；三是建成具有开放性的中国经济问题研究人才培养基地。

本次上海高校智库评选共有26个高校申报了149个智库项目，经过两轮答辩评审，最终评选出10个智库进入正式立项建设，6个智库进入培育建设。在正式立项建设的10个智库项目中，复旦大学共有5个入围，分别是政党建设与国家发展研究中心、复旦大学中国经济研究中心、人口与发展政策研究中心、亚太区域合作与治理研究中心、宗教与中国国家安全研究中心。